امام خمینی معتقد است مفسِّر باید در هر قصه از قصص این کتاب شریف، بلکه در هر آیه از آیات آن – که به شهادت خداى تعالى کتاب هدایت و تعلیم و نور طریق سلوک انسانیّت است- جهت‏ اهتداء به عالم غیب و طرق سعادت و سلوک راه معرفت و انسانیّت را به متعلّم بفهماند. مفسِّر وقتى «مقصد» از نزول را بما فهماند مفسر است، نه «سبب» نزول -همانگونه که در تفاسیر وارد است- «در همین قصه آدم و حوا و قضایاى آنها با ابلیس از اوّل خلقت آنها تا ورود آنها در ارض، که حق تعالى مکرّر در کتاب خود ذکر فرموده، چقدر معارف و مواعظ  مذکور و مرموز است و ما را به چقدر از معایب نفس و اخلاق ابلیسى و کمالات آن و معارف آدمى آشنا مى‏کند و ما از آن غافل هستیم».

«کتاب خدا کتاب معرفت و اخلاق و دعوت به سعادت و کمال است؛ کتاب تفسیر نیز باید کتاب عرفانى اخلاقى و مبیّن جهات عرفانى و اخلاقى و دیگر جهات دعوت به سعادت آن باشد. مفسِّرى که از این جهت غفلت کرده یا صرف نظر نموده یا اهمّیّت به آن نداده، از مقصود قرآن و منظور اصلى انزال کتب و ارسال رسل غفلت ورزیده. و این یک خطائى است که قرنها است این ملت را از استفاده از قرآن شریف محروم نموده و راه هدایت را به روى مردم مسدود کرده. ما باید مقصود از تنزیل این کتاب را قطع نظر از جهات عقلى برهانى، که خود به ما مقصد را مى‏ فهماند، از خود کتاب خدا اخذ کنیم. مصنّف کتاب مقصد خود را بهتر مى‏داند. اکنون به فرموده‏ هاى این مصنّف راجع به شئون قرآن نظر کنیم، مى‏ بینیم خود مى‏ فرماید: ذلِکَ الْکِتابُ لا رَیْبَ فیهِ هُدىً لِلمُتَّقین. این کتاب را کتاب هدایت خوانده. مى‏بینیم در یک سوره کوچک چندین مرتبه مى‏فرماید: وَ لَقَدْ یَسَّرْنا القُرآنَ لِلذّکْرِ فَهَلْ مِنْ مُدَّکِر. مى‏بینیم مى‏فرماید: وَ انْزَلْنا الَیْکَ الذِّکْرَ لِتُبَیِّنَ لِلنّاسِ ما نُزِّلَ الَیْهِمْ وَ لَعَلَّهُمْ یَتَفَکَّرُون.  مى‏ فرماید: کِتابٌ انْزَلناهُ الیْک مُبارَکٌ لِیَدَّبَّرُوا آیاتِهِ‏ . وَ لِیَتَذَکَّرَ اولوا الْالْباب.

بالجمله، مقصود ما از این بیان نه انتقاد در اطراف تفاسیر است، چه که هر یک از مفسِّرین زحمتهاى فراوان کشیده و رنجهاى بى‏ پایان برده تا کتابى شریف فراهم آورده فَلِلّهِ دَرُّهُمْ وَ عَلَى اللَّه اجْرُهُم، بلکه مقصود ما آن است که راه استفاده از این کتاب شریف را، که تنها کتاب سلوک الى اللَّه و یکتا کتاب تهذیب نفوس و آداب و سنن الهیّه است و بزرگتر وسیله رابطه بین خالق و خلق و عروه الوثقى و حبل المتین تمسّک به عزّ ربوبیّت است، باید به روى مردم مفتوح نمود. علماء و مفسِّرینْ تفاسیر فارسى و عربى بنویسند و مقصود آنها بیان تعالیم و دستورات عرفانى و اخلاقى و بیان کیفیّت ربط مخلوق به خالق و بیان هجرت از دار الغرور به دار السّرور و الخلود باشد، به طورى که در این کتاب شریف به ودیعت گذاشته شده. صاحب این کتاب سکّاکى و شیخ نیست که مقصدش جهات بلاغت و فصاحت باشد؛ سیبویه و خلیل نیست تا منظورش جهات نحو و صرف باشد؛ مسعودى و ابن خلّکان نیست تا در اطراف تاریخ عالم بحث کند؛ این کتاب چون عصاى موسى و ید بیضاى آن سرور، یا دمِ عیسى که احیاء اموات مى‏ کرد نیست که فقط براى اعجاز و دلالت بر صدق نبىّ اکرم آمده باشد؛ بلکه این صحیفه الهیّه کتاب احیاء قلوب به حیات ابدى علم و معارف الهیّه است؛ این کتاب خدا است و به شئون الهیّه جلّ و علا دعوت مى‏کند. مفسِّر باید شئون الهیّه را به مردم تعلیم کند، و مردم باید براى تعلّم شئون الهیّه به آن رجوع کنند تا استفادت از آن حاصل شود- وَ نُنَزِّلُ مِنَ الْقُرْآنِ ما هُوَ شِفاءٌ وَ رَحْمَهٌ لِلْمُؤْمِنینَ وَ لا یَزیدُ الظّالِمینَ الّا خَساراً.  چه خسارتى بالاتر از این که سى- چهل سال کتاب الهى را قرائت کنیم و به‏ تفاسیر رجوع کنیم و از مقاصد آن بازمانیم. رَبَّنا ظَلَمْنا انْفُسَنا وَ انْ لَمْ تَغْفِرْ لَنا وَ تَرْحَمْنا لَنَکونَنَّ مِنَ الْخاسِرین».

(آداب الصلاه (آداب نماز)، صص ۱۹۱ – ۱۹۵)